У 1914 році Миколу Омеляновича зараховують на штатну посаду до імператорського Ермітажу, де він працює до свого виїзду в Україну. Український період своєї різносторонньої діяльності вчений розпочав у 1919 році, коли переїхав до Києва. Як дійсний член Археологічної комісії та Всеукраїнського Археологічного комітету, М. О. Макаренко багато сил віддає роботі в цих організаціях.
Микола Омелянович проводив археологічні та архітектурні дослідження й на наших землях. Так, у 1926 році за дорученням Археологічного комітету УАН він здійснив експедицію по значній території Прилуччини. Метою експедиції було виявлення археологічних пам’яток для подальшого їх вивчення. Результати цієї оглядової експедиції вчений виклав у статті «Археологічні досліди та розшуки на Прилуччині», що увійшли до збірки «Коротке звідомлення Всеукраїнського Археологічного комітету за 1926 рік».
У 1927 році М. О. Макаренко займався вивченням архітектурних пам’яток, його назавжди полонили архітектурні шедеври Густинського монастиря: Троїцька кам’яна церква, збудована в 1676 році, монументальні надбрамні церкви – Миколаївська й Петропавлівська, збудовані в 1690 році, а також Успенська (Мазепинська) церква з трапезною, пекарнею, келарнею збудована в 1695 році на кошти гетьмана Івана Мазепи. Викликали захоплення вченого й захисні кам’яні мури з брамами, споруджені навколо монастиря прилуцьким полковником Дмитром Горленком наприкінці XVII ст.
З Густинею пов’язана і трагічна сторінка в житті вченого. Син Миколи Омеляновича, Орик, із юних літ брав участь у експедиціях, привчався до наполегливої праці в польових умовах, неспокійного життя дослідників-археологів. На час перебування в Густині йому виповнилося 17 років. Спекотного дня 28 серпня 1927 року він купався в Удаї поблизу монастиря й раптово утопився. Не було меж горю батька. Він утратив не лише сина, а й вірного помічника й однодумця. Поховали Орлика тут же в Густині, у склепі Успенської церкви в усипальниці князів Рєпніних-Волконських.
Трагічно закінчилося життя й самого вченого. Не міг він залишатися свідком кричущого свавілля й вандалізму, що чинились у 30-ті роки минулого століття. Із 11 членів комісії, Микола Макаренко єдиний не поставив свій підпис за знесення Михайлівського Золотоверхого собору й деяких будівель Софії Київської, за що й поплатився своїм життям. 25 грудня 1937 року горезвісна «трійка» винесла вердикт – вищу міру покарання.
У січні 1938 року Миколу Омеляновича Макаренка було розстріляно. Його знищили, але не перемогли.
24 серпня 1997 року лицар українського духу повернувся до нас, нащадків, бронзовим бюстом, щоб стати свідком відбудови Михайлівського Золотоверхого собору – в м. Ромни встановлено пам’ятник Нескореному Прометею.
Анатолій Риженко